多肽的溶解性很大程度上取決于多肽的極性。酸性的蛋白溶解于堿性溶液，而堿性蛋白可溶解于酸性溶液，含有大量不帶電荷的極性氨基酸殘基或疏水性氨基酸的疏水性多肽和中性多肽可先溶解于少量有機(jī)溶劑中，如DMSO、DMF、醋酸、乙腈、甲醇、丙醇或異丙醇，然后加水（蒸餾水）稀釋。含有甲硫氨酸或半胱氨酸的多肽不能用DMSO溶解，因為DMSO可能造成側(cè)鏈氧化。